Известный факт - в генотипе женщины ХХ – хромосомы, в генотипе мужчины – ХY. Ребёнок всегда унаследует от мамы Х – хромосому, папа может дать либо Х, либо Y- хромосому, в соответствии с этим на свет рождается либо девочка, либо мальчик. Такой путь наследования делает Х – хромосому идеальным агентом при установлении отцовства в отношении девочки.
Анализ ДНК по Х хромосоме проводят тогда, когда нет возможности получить биологический материал от предполагаемого отца ребёнка женского пола. Образцы для исследования в этом случае берутся у близкой родственницы папы.
Также такой вид анализа проводится для подтверждения наличия потенциальной родственной связи между особями женского пола.